Cuando finalmente las tropas paraguayas fueron derrotados en la Batalla de Lomas Valentinas y López evacuó Asunción, que fue ocupada y saqueada en enero de 1869, 1 mes antes decretaba que la capital del Paraguay se traslada a Piribebuy luego de su 2do asiento en Luque.
El 8 de diciembre de 1868, López había decretado que la capital del Paraguay se traslada a Piribebuy. Allí marcharon el vicepresidente Sánchez y la delegación del ministro plenipotenciario de los Estados Unidos de América, el general Martin McMahon. A medida que se producían los sucesos de la Campaña del Piquisiry y la reorganización del ejército paraguayo en Azcurra, la madre y hermanas de López, su esposa Elisa Lynch y los hijos del Mariscal se establecieron temporalmente en Piribebuy en el inicio de la Campaña de las Cordilleras Guerra de la triple alianza.
Parte de la fundición de Ybycuí fue trasladada a Caacupé, donde se siguieron fabricando armas para el ejército de López. El centro de la defensa fue establecido alrededor de Piribebuy, rodeada de una trinchera de casi 2500 metros, defendida por 2000 infantes y 18 cañones, bajo las órdenes del teniente coronel Pedro Pablo Caballero.
Luego que la capital del Paraguay se traslada a Piribebuy por orden el Mariscal quedó como uno de los pueblos que más sufrieron por crímenes de guerra. Se calcula que lucharon alrededor de veinte mil aliados contra mil seiscientos defensores y un centenar de mujeres a las que aún se recuerda como “Las Heroínas de Piribebuy”.
Después de la guerra se convirtió en uno de los sitios preferidos por los inmigrantes que tenían desde Italia. Constituyeron una sociedad dinámica que se adaptó a las costumbres locales. De esa época se conservan muchas casas coloniales, artesanía (como el Poncho de las sesenta listas) y gastronomía como la bebida de caña.
